La rectificación del sexo se realiza en cuatro pasos:

1. un proceso psicológico, a través de una estructura privada (más rápida) o pública (más barata), al final del cual se emite un informe escrito que certifica el diagnóstico de la disforia de género (es decir, la condición de malestar y de incomodidad de quienes no se reconocen en el sexo asignado al nacer)
2. terapia hormonal, seguida de una prescripción médica regular y documentada firmada por un endocrinólogo, destinada a masculinizar en la transición FtM y a feminizar en la transición MtF
3. iniciar un procedimiento judicial, mediante un recurso que se presentará ante el tribunal competente, con el fin de obtener la rectificación del sexo, el cambio de nombre y, eventualmente, la autorización de una intervención quirúrgica. El recurso debe ir acompañado de un informe psicológico, un informe endocrinológico, un certificado de estado civil y un certificado de residencia. El juez puede decidir sólo sobre la base de los documentos presentados o decidir ordenar que una Oficina de Asesoramiento Técnico (CTU) evalúe el proceso de transición real.
4. intervención quirúrgica (si la hay). Tras la sentencia del Tribunal Constitucional nº 221/2015, la cirugía ya no es necesaria para obtener la reasignación de sexo. Sin embargo, si se va a realizar la operación, es necesaria la autorización del tribunal.